起源

1587 年，建立伊始的莱顿大学向莱顿市长提出请求，希望在大学主建筑后面建立一座学术植物园，以方便医学学生。1590 年，莱顿大学的请求获得批准，著名植物学家卡罗卢斯·克卢修斯 (Carolus Clusius，1526–1609) 被任命为首任园长。克卢修斯于 1593 年到达莱顿，通过他的知识、名望和国际化的人际关系建立起非常丰富的植物收藏。克卢修斯还敦促荷兰东印度公司 (VOC) 协助收集殖民地的植物和（风干的）植物标本。克卢修斯最初建立的植物园面积虽小（大概只有 35 米 × 40 米），却种植了超过 1000 种不同的植物。

在随后的历史中，克卢修斯园长的继任者们继续收集热带（自印度群岛）及亚热带（自开普殖民地）植物。其中特别值得一提的是赫尔曼·布尔哈夫（Herman Boerhaave，1668–1738），他在 1709–1730 年担任园长期间，努力收集新植物和标本，并推出了植物园植物目录等出版物，对植物园的声名远播做出了很大贡献。

对植物园物种收集做出巨大贡献的还有菲利普·弗兰茨·冯·西博尔德 (Philipp Franz von Siebold)。他是一位德国医生，自 1823 年起受聘于荷兰东印度公司，在日本出岛工作直至 1829 年被日本驱逐出境。在此期间，他收集了日本各地的大量风干的和活的植物（以及动物、民族志物品、地图等等）并将它们带到莱顿。

植物园的第一间温室诞生于 17 世纪中叶，即建成于 1740 年至 1744 年间，有重大科学价值和历史意义的橘园 (Orangery)。1736 年阿德里安·范·罗伊恩 (Adriaan van Royen) 和卡尔·林奈 (Carl Linnaeus) ，以及1817 年特奥多·弗里德里希·路德维希·内斯·冯·埃森贝克 (Theodor Friedrich Ludwig Nees von Esenbeck) 和泽巴尔德·尤斯蒂努斯·布鲁格曼 (Sebald Justinus Brugmans) 先后将该园在原址的基础上进行扩建。1857 年，该园的一部分被用于建造新的莱顿天文台 (Leiden Observatory)。

荷兰的郁金香
郁金香是荷兰的国家象征，它与阿姆斯特丹有着密不可分的联系，是这个国度给世界礼物。众所周知，郁金香并非起源于阿姆斯特丹，而是从土耳其引入的。但鲜为人知的是，郁金香的原产地是中亚，在中世纪后期才经土耳其最终传入荷兰。在到访莱顿植物园的游客中，只有少数人知道正是该植物园的首任园长卡罗卢斯·克卢修斯缔造了今天种类繁多形态各异的郁金香。