De Hortus is een van de tuinen van de Nederlandse Vereniging van botanische tuinen en is daarmee nauw verbonden met de Stichting Nationale Plantencollectie (SNP). De SNP coördineert de wetenschappelijk gedocumenteerde plantencollecties in diverse tuinen en bewaakt de kwaliteit van deze collecties.
De Nationale Plantencollectie is de taxonomisch verantwoord beheerde collectie levende planten, waarvan onderdelen door samenwerkende (botanische) tuinen zijn samengebracht en worden beheerd. Het gaat daarbij om plantencollecties die voor Nederland in wetenschappelijk, cultuurhistorisch of maatschappelijk opzicht van bijzondere waarde zijn.
De belangrijkste doelen van de Stichting Nationale Plantencollectie zijn:
- behoud en verbetering van plantencollecties die van nationaal belang zijn
- behoud van biodiversiteit
- genenbankfunctie
- voorkomen van onnodige verdubbeling door taakverdeling en specialisatie
De Hortus botanicus Leiden bezit en beheert de volgende plantencollecties:
- Tropische varens
- Winterharde varens
- Dischidia
- Hoya
- Cycadales
- Tropische orchideeën
- Mierenplanten
- Carnivoren
- Nepenthes
- Kuipplanten
- Von Sieboldplanten
- Clusiustuin