De Hortus botanicus is gelegen in de historische binnenstad van Leiden aan de mooiste gracht van Nederland: Het Rapenburg. Het is goed bereikbaar met het openbaar vervoer of met de auto. Via een goed functionerend shuttlebussysteem wordt u vanaf het parkeerterrein aan de Haagweg tot op 3 minuten loopafstand van de Hortus gebracht (en naar wens opgehaald).