De Hortus werkt zowel binnen als buiten de Universiteit Leiden samen met verschillende partners. Een nauwe samenwerking bestaat met Naturalis Biodiversity Center (voorheen het Nationaal Herbarium Nederland), een van de grootste herbaria ter wereld. Er wordt ook samengewerkt met onderzoekers uit andere faculteiten van de Universiteit Leiden zoals met het Scaliger Instituut op het gebied van de botanie in het algemeen en de vroege geschiedenis van de Hortus in het bijzonder, of met de faculteit archeologie voor het determineren van gevonden plantenresten.
Naturalis Biodiversity Center
Naturalis Biodiversity Center (NBC) in Leiden, met daarin opgenomen het Nationaal Herbarium Nederland (NHN) is één van de grootste natuurhistorische musea ter wereld. Onderzoekers van het NBC zijn graag geziene gasten in de Hortus. We werken nauw samen op het gebied van onderzoek en onderwijs.
Ook worden onze collecties opgenomen in een gemeenschappelijk collectieregistratiesysteem, dat in Oxford is ontwikkeld: BRAHMS (Botanical Research and Herbarium Management System); voor botanische tuinen is een aparte module ontwikkeld, die nu in de tuinen van Leiden en van Oxford wordt gebruikt en verder ontwikkeld. Voor wetenschappelijke doeleinden worden de collecties binnenkort ook online doorzoekbaar.
Nederlandse Vereniging van Botanische Tuinen
De Nederlandse botanische tuinen werken op allerlei gebieden met elkaar samen in de Nederlandse Vereniging van Botanische Tuinen (NVBT). Medewerkers uit de verschillende tuinen komen regelmatig bij elkaar voor het uitwisselen van expertise en het opzetten van gezamenlijke projecten.
Een groot deel van de plantencollecties van de Hortus zoals de orchideeën, palmvarens en varens, maken deel uit van de Nationale Plantencollectie, beheerd door de Stichting Nationale Plantencollectie (SNP). Ook historische collecties zoals de Clusiustuin en de oorspronkelijke Von Siebold-planten vallen hieronder. De Stichting is de officiële partner van de overheid bij het onderbrengen van in beslag genomen planten.
Clusiusstichting
De Clusiusstichting stelt zich ten doel de belangstelling te bevorderen voor de historische en culturele aspecten van de tuin, het landschap en de botanie, en die van een wetenschappelijk draagvlak te voorzien. De stichting haakt daarbij in op de groeiende belangstelling voor de tuincultuur. Zij organiseert internationale symposia en een jaarlijkse Clusiuslezing met gerenommeerde sprekers. Tevens is de Clusiusstichting de drijvende kracht achter de Japanse tuin en heeft de oorspronkelijke botanische tuin uit de zestiende eeuw hersteld bij zijn 400 jarig jubileum in 1990. Op initiatief van de Stichting heeft de Universiteit Leiden een bijzondere leerstoel ingesteld voor de bestudering van de geschiedenis van tuin- en landschapsarchitectuur.
Europees netwerk
Op initiatief van de Duitssprekende botanische tuinen in Europa is er een breed netwerk voor het uitwisselen van materiaal aan het ontstaan: the International Plant Exchange Network (IPEN)
Europese tuinen werken samen in het European Botanic Gardens Consortium, voor het opstarten van gezamenlijke projecten, en om de drie jaar overleg in de vorm van een congres. Alleen al in Europa zijn er zo’n 800 botanische tuinen.
Wereldwijd
Botanische tuinen overal ter wereld vinden elkaar in de BGCI (Botanic Gardens Conservation International) die congressen en allerlei andere activiteiten organiseert.
Een belangrijke partner bij het beschermen van natuur wereldwijd is de International Union for Conservation of Nature (IUCN), die zoveel mogelijk mensen en instellingen bij de natuurbescherming wil betrekken. Deze organisatie houdt een lijst bij van bedreigde soorten overal ter wereld: the IUCN Red List.
Verder zijn er nationaal en internationaal verschillende samenwerkingsverbanden opgebouwd met o.a.
- Royal Botanic Gardens Edinburgh (Flora of Thailand, Flora of Indochina).
- Pha Tad Ke Botanical Garden in Luang Prabang, Laos (wetenschappelijk advies).
- Nong Nooch Garden Thailand (Cycadales).
- Kebun Raya Bogor (Orchidaceae, Amorphophallus).
- University of Hongkong (Annonaceae).
- Vietnam Forestry University (Inventarisatie en medicinale planten).
- Royal Botanic Gardens Kew (Orchidaceae).
- Botanische tuin van Padua, Italië (wetenschappelijk advies)
- Botanischer Garten Wien (geschiedenis van de Hortus).
- New York Botanical Garden (Cycadales).