Universiteit Leiden
De Hortus is onderdeel van de Universiteit Leiden en valt onder de faculteit Wiskunde en Natuurwetenschappen. We werken ook samen met onderzoekers uit andere faculteiten zoals met het Scaliger Instituut op het gebied van de botanie in het algemeen en de vroege geschiedenis van de Hortus in het bijzonder, of met de faculteit Archeologie voor het determineren van gevonden plantenresten.
Naturalis Biodiversity Center
Naturalis Biodiversity Center (NBC) in Leiden, met daarin opgenomen het Nationaal Herbarium Nederland (NHN) is één van de grootste natuurhistorische musea ter wereld. Onderzoekers van het NBC zijn graag geziene gasten in de Hortus. We werken nauw samen op het gebied van onderzoek en onderwijs. Ook worden onze collecties opgenomen in een gemeenschappelijk collectieregistratiesysteem, dat in Oxford is ontwikkeld: BRAHMS (Botanical Research and Herbarium Management System); voor botanische tuinen is een aparte module ontwikkeld, die nu in de tuinen van Leiden en van Oxford wordt gebruikt en verder ontwikkeld. Voor wetenschappelijke doeleinden worden de collecties binnenkort ook online doorzoekbaar.