In de Von Siebold Gedenktuin word je meegenomen naar het Japan zoals Philipp von Siebold dat kende. Kom tot rust in het theehuis naast de zentuin, omringd door bomen en planten die Von Siebold in de 19e eeuw naar Nederland stuurde.
De Von Siebold Gedenktuin is afgesloten van andere tuindelen door een rode muur. Achter deze wand bevindt zich een traditionele Japanse rotstuin (karenansui), waarin grind water verbeeldt. Regelmatig wordt het grind aangeharkt in cirkels, rimpels en patronen. Zoals in alle Japanse rotstuinen is het niet de bedoeling dat je op het grind loopt.
In de Von Siebold Gedenktuin staat een bijzondere, oude boom: de Japanse iep. Dit exemplaar is begin 19e eeuw door Von Siebold meegenomen naar Nederland. In de herfst kleuren de bladeren helderoranje en geel. In de hoek van de muur, naast de bronzen buste van Von Siebold, staat ook een herfstjuweeltje: de Japanse esdoorn, die in het najaar een vuurrode kleur krijgt. Van deze bomen kun je in alle rust genieten in het paviljoentje, waar je naartoe loopt over de stapstenen.
Deze tuin is aangelegd ter ere van het 400-jarig bestaan van de Hortus in 1990. Hier gedenken we Von Siebold als de man die vele Japanse planten en plantenkennis naar Nederland bracht. Ook in de rest van de Hortus vind je planten die Von Siebold introduceerde, soms zelfs de originele exemplaren die hij meebracht of vanuit de handelspost op Deshima naar Leiden zond.